O acervo do MAE é composto por mais de 100.000 espécimes, incluindo objetos arqueológicos e etnográficos produzidos em diferentes continentes e em épocas diversas, desde a Europa Paleolítica, com dezenas de milhares de anos de antiguidade, até a produção recente de artefatos dos povos indígenas do Brasil. O acervo tem origem nas antigas coleções dos setores de Arqueologia e Etnologia do Museu Paulista, do antigo Museu de Arqueologia e Etnologia, do Instituto de Pré-História, do Departamento de Antropologia da USP e das pesquisas atualmente realizadas por professores e alunos.