A pesquisa no Museu de Arqueologia e Etnologia é realizada em torno de seus acervos de Arqueologia e de Etnologia. Docentes e alunos participam do trabalho com essas coleções, provenientes de vários locais no mundo e também de vários períodos da história humana. O MAE também desenvolve pesquisas vinculadas aos vários aspectos da Museologia aplicada à Arqueologia e à Etnologia.