A Arqueologia é a ciência que procura entender a história humana a partir do estudo do patrimônio material legado ao presente pelas populações do passado. Tal patrimônio tem uma característica híbrida e é composto por elementos naturais e culturais. A Arqueologia é uma ciência social. Devido, no entanto, às características de seu objeto de estudo, sua prática requer um exercício constante de interdisciplinaridade, em diálogo permanente como as ciências naturais e com as humanidades.
A área de Etnologia Brasileira no MAE valoriza os estudos de cultura material. Através de pesquisas etnográficas e de coleções busca compreender os significados das produções artísticas ameríndias. Atenta às questões de patrimonialização e curadoria compartilhada, facilita o acesso das populações indígenas aos acervos, objetivando a interação do Museu com esses coletivos.
Dentro da abrangência do campo museológico e a partir das possibilidades investigativas que o Quadro Disciplinar sugere – Museologia Geral, Especial e Aplicada ou Museografia –, a pesquisa em Museologia no MAE compreende Teoria Museológica, Historicidade e Análise da Construção do fenômeno Museu (processos de musealização e gestão), Comunicação Museológica, Exposição, Educação, Recepção e Público de Museus.
O Labeca vem, desde 2006, congregando estudantes e pesquisadores ao redor de estudos sobre a pólis, a partir de dois projetos temáticos (apoio Fapesp) que lidam com o uso do espaço pelos gregos antigos. Seu maior objetivo é assegurar um espaço plural de debate, reunindo uma vasta documentação (bibliográfica e visual), e produzindo vídeos educacionais além de volumes de estudos.
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O Laboratório de Arqueologia Regional (LAR) tem por objetivo desenvolver projetos de pesquisa de âmbito regional com ênfase no uso articulado de diversas tecnologias de aquisição e processamento de dados, tanto ambientais como culturais, tendo em vista uma análise integrada da evolução de cenários de ocupação humana e construção da paisagem.
O LINTT contempla pesquisas sobre diferentes regiões e realidades sócio-culturais que visam compreender os modos particulares de interação dos humanos com o mundo material, no tempo e no espaço. As suas principais temáticas de pesquisa são: Paisagem e Transformação; Fronteiras Culturais e Territórios; Tecnologias e seus Significados.